La investigación hidrográfica en Colombia inició en el año de 1947 cuando se firmó el convenio cooperativo entre la Armada de Colombia y Estados Unidos, representados por la Dirección de Marina Mercante, actual Dirección General Marítima (DIMAR) y la Oficina Naval Oceanográfica (NAVOCEANO).

En 1968 la Dirección de Marina Mercante creó en Bogotá la División de Hidrografía la cual coordinó con ingenieros civiles y estudiantes de ingeniería de la Universidad Nacional, el primer levantamiento hidrográfico a bordo del ARC “Quindío” para la elaboración de la Carta Náutica Col 101 Aproximación al Puerto de Tumaco; ésta primera carta fue publicada en 1971, seguida por las Cartas Col 100 Puerto Interior de Tumaco, Col 200 Puerto Interior de San Andrés, Col 201 San Andrés y 261 Bahía de Cartagena.

Con la creación del Centro de Investigaciones Oceanográficas e Hidrográficas del Caribe (CIOH) en 1975 por medio de la resolución 238 y con el fin de adelantar investigaciones en oceanografía, hidrografía, protección del medio marino y manejo de zonas costeras en el Caribe colombiano, la Dirección General Marítima decide en 1979 trasladar la División de Hidrografía a Cartagena.

El Servicio Hidrográfico Colombiano fue formalizado en 1980 con la implementación del Plan de Desarrollo de Ciencias y Tecnologías del Mar. En este mismo año, la DIMAR adquirió para el desarrollo de las actividades hidrográficas los buques oceanográficos ARC “Providencia” y ARC “Malpelo, permitiendo de esta forma la optimización del proceso de elaboración de cartografía náutica (Plan Cartográfico Nacional), al poseer mayor capacidad en la recolección de información batimétrica, topográfica y geodésica.

La misión del Servicio Hidrográfico es obtener datos que permitan producir y divulgar la información necesaria para garantizar la seguridad marítima, un concepto que involucra de forma integral la seguridad de la vida humana en el mar, la protección del medio ambiente marino y la seguridad de la navegación.

Los productos generados cumplen con las normas y estándares establecidos por la Organización Hidrográfica Internacional (OHI), para lo cual la organización cuenta con hidrógrafos y cartógrafos altamente calificados, quienes son formados en la Escuela Naval de Suboficiales (Barranquilla) y posteriormente complementan su entrenamiento en otros centros de formación en Estados Unidos, Chile y Perú, en el marco de los convenios de cooperación existentes entre la Armada Nacional de Colombia y las Marinas de otros países del mundo.

Entre 1982 y 1990 se realizaron los levantamientos de las principales bahías y puertos del país, dejando como resultado final la publicación de 10 cartas náuticas, que se constituyeron en el primer producto del laboratorio de cartografía, una sección del servicio permitió reducir los tiempos de producción y costos, teniendo en cuenta que anteriormente el proceso cartográfico se realizaba en el Instituto Geográfico Agustín Codazzi. La primera carta elaborada en este laboratorio fue la 4ª edición Carta Col 261 Bahía de Cartagena.

Además de cartas náuticas, el Servicio Hidrográfico Nacional ha efectuado hidrografía fluvial. El primer producto se elaboró entre 1989 y 1990 dentro el convenio de Cooperación Amazónica (Colombia-Perú), que permitió la elaboración del Atlas Colombiano de Planchas Batimétricas del río Putumayo.

Para el año de 1998 y tras lograr una fuerte inversión en equipos y capacitación para el personal, se logró la publicación de 18 cartas náuticas, 2 cartas temáticas y 2 batimétricas, sondear 5000 MNL (millas náuticas lineales) en San Andrés, San Bernardo, Laguna de Tota y la actualización geodésica de los puntos del litoral Caribe. Todas estas labores le permitieron a Colombia ser miembro activo de la Organización Hidrográfica Internacional (OHI).

En el año 2000 se logra la elaboración y edición de cartografía nacional electrónica bajo los estándares establecidos internacionalmente, sus primeras cartas en formato S-57 utilizando el Software de Producción de Cartografía Electrónica Objetc Manager, para obtener cartas en discos compactos que sean utilizadas por las embarcaciones con el sistema de despliegue de carta electrónica (ECDIS).

En el año 2014, El Servicio Hidrográfico Nacional repotenció su capacidad para el desarrollo de estudios hidrográficos y geofísicos en aguas someras y offshore del Caribe y Pacífico Colombiano, con la adquisición de plataformas hidrográficas, equipos de última tecnología y software de gestión de datos batimétricos. Permitiendo así, obtener y entregar productos de óptima calidad, garantizando la seguridad de la navegación y preservación de la vida humana en el mar, así como, la adquisición de conocimiento técnico-científico de la Plataforma Continental para un completo ejercicio de la soberanía nacional.